VestaCP - ошибка при выдаче сертификата Let's Encrypt domain validation timeout

Если при выдаче SSL Let's Encrypt сертификата получаем ошибку

Let's Encrypt domain validation timeout

это означает, что на сервере сконфигурировано IPv6, либо же домен направлен на сервер по "AAAA" записи на IPv6.
Поэтому нужно либо отключить Ipv6 на сервере, удалить ipv6 адреса, либо же убрать "AAAA" записи для домена.